350 papers
De evolutiebiologie verkent hoe leven op aarde zich door de tijd heen heeft ontwikkeld en aangepast. Deze fascinerende wetenschap bestudeert de mechanismen achter diversiteit, variatie en de aanpassing van soorten aan hun omgeving. Van de kleinste genetische veranderingen tot de vorming van nieuwe soorten, dit veld biedt een diep inzicht in de geschiedenis van het leven zelf.
Op Gist.Science verzamelen we elk nieuw voorpublicatieartikel dat op bioRxiv verschijnt binnen dit domein. Voor elke preprint bieden we zowel een toegankelijke samenvatting in gewone taal als een gedetailleerde technische analyse, zodat iedereen de nieuwste inzichten kan begrijpen zonder vast te lopen in jargon. Hieronder vindt u de meest recente publicaties over evolutiebiologie.
Dit artikel introduceert PartitionFinder-mAIC, een nieuwe functie in IQ-TREE 3 die het marginale Akaike Information Criterion gebruikt om efficiëntere partitioneringsschema's te selecteren, wat resulteert in minder partities en een verbeterde nauwkeurigheid van de fylogenetische inferentie vergeleken met traditionele AIC- en BIC-methoden.
Door convergente aminozuursubstituties in 126 primatensoorten te analyseren, identificeert deze studie een significante genetische link tussen levensduur en mannelijke vruchtbaarheid, waarbij wordt onthuld dat genen geassocieerd met de mannelijke reproductieve biologie belangrijke drijfveren zijn in de evolutie van de levensduur.
Deze studie toont aan dat in *Capsicum*- en *Arabidopsis*-genomen de expansie van NLR-DNAkopieën sneller gaat dan de accumulatie van voorspelde coderende intacte kopieën, wat een consistente sublineaire schaleringsrelatie onthult die het belang benadrukt van het overwegen van de coderende staat naast het aantal kopieën voor een nauwkeurige analyse van het immuungenenrepertoire.
Dit artikel ontwikkelt en valideert een nieuw analytisch kader gebaseerd op effectieve migratiesnelheden om te voorspellen hoe polygene divergente selectie de genomische patronen van differentiatie en reproductieve isolatie vormgeeft in mainland-island modellen, waarbij verbeterde instrumenten worden geboden voor het afleiden van de genetische architectuur van barrières voor genenstroom.
Het artikel introduceert antiGen, een machine learning-model dat fylogenetische bomen gebruikt om toekomstige virale mutaties over meerdere pathogenen nauwkeurig te voorspellen, waaronder SARS-CoV-2, influenza en dengue, waardoor de pandemische paraatheid en therapeutische ontwikkeling worden verbeterd.
Deze studie evalueert de prestaties van SNaQ op niet-niveau-1 fylogenetische netwerken, waarbij wordt onthuld dat hoewel het niet in staat is om exacte topologieën van overlappende reticulaties te herstellen, het betrouwbaar circulaire taxonordes en compatibele tree-of-blobs-structuren afleidt, waardoor het effectief fungeert als een conservatieve regularisator die prioriteit geeft aan sterke reticulatiesignalen boven complexe, overlappende evolutionaire geschiedenissen.
Deze studie presenteert een grootschalige evaluatie van 54 fylogenetische boomvormindices op meer dan 45 miljoen empirische bomen met behulp van de nieuwe Python-bibliotheek "treeshapy", waarbij kritieke valkuilen zoals wortelgevoeligheid, grootteafhankelijkheid en indexredundantie worden onthuld om toekomstige boomvormanalyses voorzichtiger en effectiever te begeleiden.
Deze studie toont aan dat, ondanks het potentieel van variationele autoencoders om epistatische interacties te modelleren, hun inherente informatieverlies tijdens het decodeerproces voorkomt dat zij ancestrale sequenties nauwkeurig reconstrueren, aangezien zij consistent worden overtroffen door standaard likelihood-gebaseerde en parsimonie-methoden.
De auteurs introduceren TimeFIG, een Bayesiaans fylogenetisch raamwerk dat genetische, verspreidings- en paleogeografische gegevens integreert om simultaan divergentietijden, voorouderlijke ranges en diversificatiesnelheden te infereren zonder fossielen, waarbij zij onthullen dat eilandisolatie en ouderdom de evolutionaire dynamiek van de Hawaïaanse *Kadua*-radiatie aansturen.
Deze studie stelt de vestiging van een nieuwe virale orde, Ariadnavirales, binnen de klasse Megaviricetes voor, gebaseerd op de ontdekking van het Sicyoidochytrium minutum DNA-virus en gerelateerde sequenties die een unieke evolutionaire transitie vertonen naar een op de gastheer-kern afhankelijke replicatie en transcriptie als gevolg van het verlies van hun eigen replicatie- en transcriptiemachinerie.